Sejak tahun 1980-an PKPM diberi mandat oleh Konferensi Wali Gereja Indonesia (KWI) untuk mengumpulkan data tentang perkembangan Gereja Katolik di Indonesia. Data-data lengkap disertai dengan analisis singkat disajikan setiap tahun dan digunakan sebagai bahan kajian bagi keuskupan maupun pihak lain yang membutuhkannya. Pada tahun 1995, PKPM dengan bantuan 17 LSM "anak", berhasil mengembangkan database pekerja anak dan anak jalanan. Kemudian, pada tahun 1998/1999, ADB memberikan kepercayaan kepada PKPM untuk mengembangkan database pekerja anak dan evaluasi pelayanan rumah singgah yang sudah dikembangkan pemerintah selama ini.

Dalam melakukan kegiatannya, PKPM juga mengembangkan kemitraan dengan berbagai lembaga pemerintah dan non-pemerintah. di tingkat nasional maupun internasional. sampai saaat ini berbagai kegiatan penelitian telah dilakukan diantaranya bekerja sama dengan ADB, World Bank, AusAid, US embassy, USAID, UNFPA, UNESCO, UNICEF, ILO, UNAIDS, CIDA, DFTAD, Pemerintah Kerajaan Belanda, New Zealand, Ford Foundation, Population Council, Plan International, Save the Children, AGI, Global Alliance for Workers dan Communities. Keanggotaanya dalam APTIK (Asosiasi Perguruan Tinggi Katolik) memudahkan PKPM membuka jaringan kerjasama dengan Unika di seluruh wilayah/propinsi di Indonesia. PKPM juga yakin bahwa pendekatan partisipatif kepada kelompok sasaran dapat menjamin keberlangsungan program aksi yang dikembangkan. Dengan pendekatan ini kelompok sasaran secara langsung dilibatkan dalam setiap tahapan mulai dari tahap perencanaan.